Von Frühjahr 1942 bis Kriegsende 1945 werden knapp 100.000 Juden aus dem „Altreich“ deportiert, davon beinahe 90.000 innerhalb eines Jahres bis Ende März 1943. Einige Transporte haben Riga, Minsk oder Warschau zum Ziel, andere Deportierte werden zunächst ins Ghetto Theresienstadt gebracht und anschließend von dort in Vernichtungslager wie Auschwitz, Treblinka und Sobibor. In die Vernichtungslager im Generalgouvernement (Auschwitz-Birkenau, Lublin-Majdanek, Sobibor, Maly Trostinec) führen aus dem „Altreich“ direkte Transporte, gleichzeitig werden deutsche Juden aber auch über Durchgangslager nach Auschwitz transportiert. In den Durchgangslagern, vor allem in den südlich von Lublin gelegenen Lagern Izbica, Piaski und Zamosc, werden einige Deportierte zur Zwangsarbeit selektiert.
In den während der ersten Kriegsjahre von der Wehrmacht eroberten östlichen Gebieten errichten die Nationalsozialisten Ghettos und Konzentrationslager sowie Vernichtungslager zur massenhaften Ermordung der europäischen Juden. Nach der Niederlage der deutschen Armee in Stalingrad im Winter 1942/43 beginnt die sowjetische Gegenoffensive. Die Wehrmacht wird an der gesamten Ostfront zurückgedrängt. Die nach Westen vorrückende Rote Armee erreicht im Laufe der Jahre 1943 bis 1945 die deutschen Ghettos und Lager. Einige Lager werden von der Roten Armee befreit. Andere werden zuvor von den Nationalsozialisten aufgelöst und zerstört.
Wenngleich die zahlenmäßig größten Deportationen von Juden aus dem Deutschen Reich bereits im Frühjahr 1943 abgeschlossen sind, finden bis ins Frühjahr 1945 Deportationen in die verbleibenden Ghettos und Lager statt, die sich noch unter deutscher Kontrolle befinden.
Das Ghetto Theresienstadt dient als Sammel- und Durchgangslager zur Deportation in die Vernichtungslager und gleichzeitig als „Vorzeigeghetto“ für propagandistische Zwecke der Nationalsozialisten, obwohl die Inhaftierten tatsächlich unter menschenunwürdigen Verhältnissen leben. Unter den ca. 140.000 Personen, die insgesamt nach Theresienstadt verbracht werden, sind ca. 16.000 Juden aus Deutschland. Ungefähr 34.000 Personen sterben im Ghetto. Kurz vor Kriegsende erreicht das Internationale Rote Kreuz in Verhandlungen mit der SS die Ausreise der meisten Häftlinge und übernimmt in den letzten Kriegswochen die Verantwortung für das Lager. Nach Kriegsende wird das Ghetto Theresienstadt an die Rote Armee übergeben.
Das Lager Auschwitz wird am 27. Januar 1945 von der Roten Armee befreit. Bis dahin werden im größten nationalsozialistischen Konzentrations- und Vernichtungslager über eine Million Menschen ermordet.
Im Vernichtungslager Kulmhof werden bis zur Befreiung durch die Rote Armee am 17. Januar 1945 über 152.000 Menschen ermordet.
Das Ghetto Lodz (Litzmannstadt) dient als Arbeits- und Sammellager vor der Deportation in die Vernichtungslager. Am 19. Januar 1945 wird das Ghetto Lodz von der Roten Armee befreit.
In dem 1942 errichteten Vernichtungslager Treblinka werden innerhalb eines Jahres über 900.000 Menschen ermordet. Vor der Liquidierung des Lagers gelingt einigen Gefangenen die Flucht. Bis zum Herbst 1943 werden die übrigen Häftlinge ermordet, das Lager wird zerstört.
Nach einem Aufstand der Häftlinge aus Angst vor der drohenden Liquidierung des Lagers wird das Vernichtungslager Sobibor im Oktober 1943 von der SS zerstört. Die Häftlinge, die nicht entkommen konnten, werden erschossen. Bis zur Zerstörung des Lagers werden in Sobibor mindestens 250.000 Menschen ermordet.
Das Vernichtungslager Lublin-Majdanek wird am 23. Juli 1944 als erstes Lager von der Roten Armee befreit. Zuvor ermordet die SS dort über 60.000 Menschen.
Im Vernichtungslager Belzec werden ca. 600.000 Menschen ermordet. Im Frühjahr 1943 löst die SS das Lager auf, vernichtet alle Spuren und deportiert die verbliebenen Inhaftierten nach Sobibor.
