Stärker als bei den anderen Parteien ist die Organisation der Partei die Linke durch ein Nebeneinander von formellen und informellen Strukturen geprägt. Zugleich ergeben sich Besonderheiten durch den unterschiedlichen Stand des Parteiaufbaus in den alten und neuen Ländern.
Formale Gliederung
Die formale Gliederung der Partei in Landes-, Kreis- und Ortsverbände folgt dem vom Parteiengesetz vorgegebenen territorialen Organisationsprinzip. Aufgrund der im Vergleich zum Osten geringeren Mitgliederdichte im Westen ließ sich eine annähernd flächendeckende Präsenz hier bis 2024 nur in den Hochburgen gewährleisten (insbesondere den Stadtstaaten Hamburg und Bremen). Das formal höchste Organ ist der Bundesparteitag, der den Vorstand wählt und über grundsätzliche politische und organisatorische Fragen beschließt. Neben dem zurzeit aus 26 Mitgliedern bestehenden Vorstand unterhält die Partei einen kleineren geschäftsführenden Vorstand, der das eigentliche Führungszentrum bildet; ihm gehören zehn Personen an. Die Bedeutung des 80-köpfigen Parteirates, der an die Stelle des früheren Bundesausschusses getreten ist, bleibt demgegenüber geringer.
In der Partei dominiert das Delegiertenprinzip, das gelegentlich durch Urwahlen und Mitgliederentscheide angereichert wird. Um ihr Zusammenwachsen nach der Fusion mit der WASG zu erleichtern, wurden die westdeutschen Verbände im Delegiertenschlüssel zunächst stark bevorzugt, was den von Lafontaine angeführten fundamentaloppositionellen Kräften in die Hände spielte. Diese Sonderregelungen liefen mit dem 4. Parteitag 2014 aus (Oppelland / Träger 2014: 101 ff.). Die in der Satzung vorgesehenen basisdemokratischen Verfahren kamen unter anderem bei der Entscheidung über den Fortbestand der Doppelspitze (mit mindestens einer Frau) im Vorfeld des Rostocker Parteitages 2010 und der Bestätigung des 2011 auf dem Erfurter Parteitag beschlossenen Grundsatzprogramms zum Tragen. Auch der Zusammenschluss von PDS und WASG wurde durch eine Urabstimmung in beiden Verbänden besiegelt.
Ideologische Strömungen in der Partei
Eine Besonderheit der Linken, die sie von der PDS übernommen hat, ist die Bedeutung der verschiedenen ideologischen Strömungen in der Partei (Jesse / Lang 2012: 246 ff.). Deren Bandbreite reicht von reformorientiert-pragmatischen über klassisch-sozialistische bis hin zu orthodox-kommunistischen Positionen, die untereinander nochmals verschiedene Richtungen und Querverbindungen aufweisen. Die Linke gewinnt dadurch den Charakter einer sozialistischen Sammlungspartei. Das zeigt sich organisatorisch in einer großen Zahl formeller und informeller Zusammenschlüsse. Laut Satzung können diese frei gegründet werden. Ab einer bestimmten Größe dürfen sie zudem Delegierte zu Parteitagen entsenden. Als wichtigste Gruppierungen zu nennen sind im Lager der Reformer das Netzwerk Reformlinke und das Forum Demokratischer Sozialismus, im Lager der Orthodoxen die Kommunistische Plattform, die Antikapitalistische Linke und die Sozialistische Linke. Eine Mittelstellung zwischen beiden Lagern nimmt die Emanzipatorische Linke ein. Mitglieder des linken Flügels haben im Januar 2018 eine neue Internet-Plattform ins Leben gerufen, die sich „Bewegungslinke“ nennt. Darüber hinaus verfügt die Bundespartei über rund 40 Arbeitsgemeinschaften.
Die Vielfalt der ideologischen Strömungen bildet sich in der Führungsstruktur ab. Seit der Fusion mit der WASG wird die Linke von einer Doppelspitze angeführt. In der Bundestagsfraktion galt das nur für die Übergangszeit von 2005 bis 2009, als Lafontaine und Gysi gleichberechtigte Vorsitzende waren. Die größer gewordene Bundestagsfraktion gewann seit dieser Zeit als zweites Machtzentrum der Partei an Gewicht, was die Parteiführung naturgemäß kritisch betrachtete. Die Erwartung, dass mit dem ersten von der Linken gestellten Ministerpräsidenten Bodo Ramelow eine „Regierungslinke“ im Osten als weiteres Machtzentrum hinzutreten könnte, erfüllte sich nicht.
Bei der Wahl der Spitzenkandidaten zur Bundestagswahl 2017 setzten sich Sahra Wagenknecht und Dietmar Bartsch, die 2015 von Gysi den Fraktionsvorsitz übernommen hatten, gegen die Parteivorsitzende Katja Kipping durch. Die persönliche Rivalität zwischen Kipping und Wagenknecht belastete das Verhältnis zwischen Partei- und Fraktionsführung massiv und gefährdete den bis dahin fragilen innerparteilichen Ausgleich. Durch Wagenknechts Austritt und die Abspaltung des BSW fand Die Linke zu einem friedlicheren Umgang mit innerparteilichen Konflikten zurück. Das geschlossenere Erscheinungsbild war eine wichtige Voraussetzung für ihren Wahlerfolg bei der Bundestagswahl 2025. Zwischen der von Heidi Reichinnek und Sören Pellmann angeführten Bundestagsfraktion und der aus Jan van Aken und Ines Schwerdtner gebildeten Parteispitze besteht seither ein annäherndes Machtgleichgewicht. Pellmann und Schwerdtner wirken dabei eher nach innen, während Reichinnek und van Aken für die Außendarstellung prägender sind. Um eine bessere Abstimmung zwischen Partei und Fraktion zu gewährleisten, verfügen die Parteivorsitzenden seit der Neukonstituierung der Fraktion nach der Bundestagswahl 2025 im Fraktionsvorstand über ein Stimmrecht.
Mitglieder
Konsequente Durchsetzung erfährt innerhalb der Linken das Prinzip der Geschlechterdemokratie. Nach der Satzung sollen alle Gremien der Partei und ihre parlamentarischen Vertretungen mindestens zur Hälfte mit Frauen besetzt sein. 2020 bis 2022 hatte die Partei erstmals eine weibliche Doppelspitze. Im Bundestag sind die Frauen unter den Fraktionsmitgliedern mit 36 zu 28 in der Überzahl. Unter den Mitgliedern ist ihr Anteil seit der Fusion mit der WASG auf 44,6 Prozent (2025) angestiegen, womit sie fast gleichauf mit den Grünen liegen. Von allen im Bundestag vertretenen Parteien weist die Linke in ihren Führungsgremien zudem den höchsten Anteil von Personen mit Migrationshintergrund auf.