Alle Entschlüsse des Gremiums sollten einstimmig gefällt werden. Die eigentliche Arbeit fiel dabei dem Koordinierungsausschuss zu, in dem Lucius D. Clay für die USA, Wassili Sokolowski für die UdSSR, Brian H. Robertson für Großbritannien und Louis M. Koeltz für Frankreich saßen. Dieses Gremium bereitete die Sitzungen des Kontrollrats vor. Dieser tagte regelmäßig alle zehn Tage. Er verabschiedete die Beschlüsse, die der Koordinierungsausschuss vorlegte bzw. stellte im Laufe der Zeit immer häufiger fest, dass eine Beschlussfassung nicht möglich war.
Aufgaben
Zu den vorgesehenen Aufgaben des Kontrollrates gehörte grundsätzlich die Umsetzung der Beschlüsse des Potsdamer Abkommens. Darunter fiel die Aufhebung aller NS-Gesetze und Verordnungen, die Entnazifizierung Deutschlands und die Entmilitarisierung sowie Demontage zu Reparationszwecken. Maßnahmen ergreifen bzw. Direktiven umsetzen konnte der Kontrollrat nicht. Er gab seine Beschlüsse und Befehle an die einzelnen Militärgouverneure weiter und musste sich bei der Ausführung auf sie verlassen. Der Kontrollrat verwaltete darüber hinaus das deutsche Auslandsvermögen. Zum Kontrollrat gehörte mit fortschreitender Zeit ein immer umfangreicherer Behörden-Apparat. Zwölf Fachressorts – Direktorate – sollten die eigentliche Arbeit übernehmen; sie waren mit je vier Leitern besetzt. In diesen Direktoraten mit den dazugehörigen, nach Themen aufgegliederten Abteilungen, wurden Verordnungen und Befehle entworfen, die dann an den Koordinierungsausschuss weitergeleitet wurden.
Einzelne Maßnahmen
Der Kontrollrat erließ im Januar 1946 die für alle Besatzungszonen verbindliche Direktive zur Entnazifizierung Deutschlands. Sie sollte die Behandlung von aktiven Nationalsozialisten, Helfern und Nutznießern des Regimes regeln. Allerdings war die Bestrafung zu diesem Zeitpunkt bereits in allen Zonen angelaufen. Ebenso konnte der Kontrollrat der Vertreibung der Deutschen aus den ehemaligen Ostgebieten nur nachträglich zustimmen. Er befürwortete Ende November 1945 deren "Umsiedlung" in die sowjetische und die britische Besatzungszonen. Auch bei den Vorgaben zum Aufbau eines einheitlichen Schulsystems in allen Zonen war der Kontrollrat nicht die treibende Kraft. Erst im Juni 1947 erließ er eine entsprechende Direktive.
Alliierte Kommandantur
Einen Sonderfall in der Verwaltung stellte Berlin dar: Die für die vier Sektoren verantwortliche, am 11. Juli 1945 ins Leben gerufene Alliierte Kommandantur unterstand direkt dem Kontrollrat. Als besonders bedeutsam in Bezug auf Berlin erwies sich die offizielle Bestätigung der Luftkorridore von Westdeutschland nach Berlin durch den Kontrollrat. Die Zugangsrechte zu Wasser und auf dem Landweg wurden dagegen nie schriftlich fixiert. In diesen Regelungen fand sich die Grundlage für die als Antwort auf die sowjetische Blockade West-Berlins eingerichtete "Luftbrücke" zur Versorgung der Teilstadt.
Auch die Zusammenarbeit in der Alliierten Kommandantur war von Differenzen gekennzeichnet. So konnte beispielsweise der in freien Wahlen bestimmte Oberbürgermeister Ernst Reuter (SPD) nicht im Amt bestätigt werden, weil die Sowjets in der Kommandantur ihr Veto einlegten. Am 16. Juni 1948 kam die Zusammenarbeit auch in diesem Gremium komplett zum Erliegen: Der sowjetische Vertreter verließ seinen dortigen Sitz. Bereits zuvor, am 20. März 1948, hatte W. Sokolowski, der sowjetische Vertreter im Alliierten Kontrollrat, seine Tätigkeit aufgegeben.
Streitfragen
Zu fortgesetztem Streit im Alliierten Kontrollrat war es vor allem in der Frage der Reparationen und Demontagen gekommen. Grundlegender aber war das wachsende Misstrauen zwischen den Westmächten und der Sowjetunion. So fürchteten die Amerikaner den Expansionsdrang der Sowjetunion, während die UdSSR permanent befürchtete, die andere Seite werde den neuen Machtblock nicht akzeptieren. Anfangs war vor allem die Blockadehaltung der Franzosen, die die Wiederherstellung einer deutschen Zentralgewalt um jeden Preis verhindern wollten, hinderlich. Dem endgültigen Scheitern der Arbeit im Kontrollrat war die Londoner Sechsmächtekonferenz (Beneluxstaaten, Großbritannien, Frankreich, USA) im Februar und März 1948 vorausgegangen, auf der die Errichtung eines westdeutschen Teilstaates beschlossen worden war. Schon mit dieser Entscheidung war die Arbeit des Kontrollrats überflüssig geworden.