Der Gründung der CSU in Bayern am 8. Januar 1946 lag der gleiche Gedanke einer Zusammenführung der bürgerlichen Kräfte zugrunde wie den Unionsgründungen in den übrigen deutschen Ländern. Zur Überwindung der konfessionellen Spaltung gesellten sich dabei als Herausforderungen einerseits die Integration der Bauernschaft, um deren Gunst zur Zeit der Weimarer Republik neben der Bayerischen Volkspartei auch der Bayerische Bauernbund rivalisiert hatte. Andererseits konkurrierte man mit dem Block der Heimatvertriebenen und Entrechteten (BHE), der FDP und den Sozialdemokraten um die Stimmen der - in Bayern überwiegend sudetendeutschen - Flüchtlinge (Hopp 2012: 76 f.).
Der Weg zu einer breiten Sammlungspartei gestaltete sich schwierig, da es innerhalb der Partei zunächst noch starke Kräfte gab, die die CSU in derselben altbayerisch-katholischen und bayerisch-vaterländischen Tradition sahen wie die Bayerische Volkspartei der Weimarer Republik (Mintzel 1975: 83 ff.). Der Konflikt entzündete sich vor allem an der Frage des Umgangs mit der im Oktober 1946 gegründeten Bayernpartei, die an diese Linie gezielt anknüpfte. Während die Befürworter einer konfessionellen Öffnung und Abkehr vom bayerischen Partikularismus um Josef Müller eine strikte Abgrenzung von der Bayernpartei empfahlen, traten die Traditionalisten um Alois Hundhammer und Fritz Schäffer ebenso leidenschaftlich für eine Zusammenarbeit ein. Wie stark die neue Konkurrenz war, zeigt ein Vergleich der ersten und zweiten bayerischen Landtagswahl. Konnte die CSU die Stimmen im christlich-bürgerlichen Lager 1946 fast geschlossen auf sich vereinigen und über die Hälfte der Wählerstimmen verbuchen (52,3 Prozent), so fiel sie vier Jahre später, als die Bayernpartei (17,9 Prozent) und die Vertriebenenpartei BHE (12,3 Prozent) erstmals antraten, auf die Hälfte dieses Werts zurück (27,4 Prozent).
Dass die Modernisierer letztlich die Oberhand behielten und die CSU den bayerischen "Bruderkampf" für sich entscheiden konnte, lag im Wesentlichen an zwei Gründen. Zum einen hatte die Gründung der Bundesrepublik den radikal-föderalistischen Kräften den Boden entzogen, was dem Modell einer selbstständigen Landespartei innerhalb des Unionsverbundes ebenso in die Hände arbeitete wie der sich abzeichnende wirtschaftliche Aufschwung in Deutschland. Zum anderen setzte die CSU alles daran, den Konkurrenten von der Macht fernzuhalten. Die von Konrad Adenauer ursprünglich beabsichtigte Aufnahme der Bayernpartei in die Bundesregierung scheiterte 1949 am Einspruch von Franz Josef Strauß, der als Landesgeschäftsführer damals die Funktion eines informellen Generalsekretärs und Parteisprechers ausübte. Und nach der Landtagswahl 1950 entschieden sich die Christsozialen, in Bayern mit der SPD zu koalieren - auch um eine weitere Aufwertung der Bayernpartei zu verhindern.
Der Aufstieg der CSU zur bayerischen Hegemonialpartei vollzog sich nicht bruchlos. Einen herben Rückschlag musste die Partei 1954 verkraften, als die Bildung einer Koalition mit der FDP und dem GB/BHE ausgerechnet an einem religionspolitischen Thema scheiterte - ihrem Festhalten an der konfessionellen Lehrerausbildung (Strauß 1989: 530 ff.). Die Niederlage führte zu einer Stärkung des Modernisierungsflügels unter dem neuen Vorsitzenden Hanns Seidel, der den Wandel der CSU von einer Honoratioren- zu einer modernen Massenpartei einleitete und sie nach dem Sturz der Viererkoalition aus SPD, FDP, GB/BHE und Bayernpartei 1957 an die Regierung zurückführte. Dem vorausgegangen war eine vergleichsweise harmlose Affäre um illegal erworbene Spielbankenlizenzen, die von der CSU gezielt geschürt wurde, um sich der ungeliebten Konkurrenz der Bayernpartei endgültig zu entledigen. Bis zur Landtagswahl 1962 bildete die CSU eine Koalition mit der FDP und dem GB/BHE. 1962 erreichte sie zwar erstmals die absolute Mehrheit, nahm aber bei der Regierungsbildung die inzwischen deutlich geschrumpfte Bayernpartei dennoch mit ins Boot. Von 1966 bis 2008 sollte sie Bayern dann ununterbrochen alleine regieren.
Die - auch im Vergleich zu anderen Landesverbänden - ungewöhnliche Dominanz lässt sich auf drei miteinander verbundene Faktoren zurückführen. Erstens waren die Christsozialen durch die Konkurrenz der Bayernpartei in stärkerem Maße als die CDU-Landesverbände gezwungen, organisatorische Strukturen aufzubauen, um die Wähler dauerhaft an sich zu binden. Zweitens profitierten sie als Landespartei von ihrer Regierungsbeteiligung auf Bundesebene, wo insbesondere Strauß die von ihm übernommenen Ministerien für Atomfragen (1955/56) und Verteidigung (1956 bis 1962) nutzte, um die Entwicklung Bayerns zu einem modernen Industrie- und Technologiestandort zu forcieren. Diese Weichenstellungen haben dem Freistaat bis heute einen strukturellen Wettbewerbsvorteil gegenüber anderen Regionen in der Bundesrepublik verschafft. Drittens wurde der bundespolitische Einfluss der CSU durch die personelle Konstellation begünstigt. Strauß, der seit 1961 Parteivorsitzender war, hätte noch vor seinem von der Spiegelaffäre erzwungenen Rücktritt als Verteidigungsminister 1962 das Amt des Bayerischen Ministerpräsidenten übernehmen können. Er zog es aber auf Drängen der Landesgruppe vor, in Bonn weiterhin die bundespolitische Linie der CSU zu bestimmen, während sich der neue Regierungschef Alfons Goppel im Gegenzug ganz auf die Rolle des Landesvaters beschränkte. Die Rollenteilung gestaltete sich weitgehend konfliktfrei und trug dazu bei, der Wählerschaft das Bild einer geschlossen auftretenden, im Land wie im Bund durchsetzungsstarken Partei zu vermitteln.
Nach dem Wechsel zur sozial-liberalen Koalition in Bonn 1969 musste die CSU ihre bundespolitische Rolle als Vertreterin der bayerischen Interessen erstmals aus der Opposition heraus wahrnehmen. Dies schadete ihrem Wählerzuspruch nicht, brachte sie aber in heftige Auseinandersetzungen mit der Schwesterpartei CDU. Während Strauß gegenüber beiden Regierungsparteien einen harten Konfrontationskurs einschlagen wollte, um die Rückkehr zur Macht zu erreichen, setzten die CDU-Vorsitzenden Rainer Barzel und - ab 1973 - Helmut Kohl auf eine kooperativere Linie, die ein unbedingtes Scheitern der Regierung ausschloss und die FDP als möglichen Koalitionspartner schonte. Die Auseinandersetzung zwischen den Unionsparteien mündete in die Aufkündigung der gemeinsamen Fraktionsgemeinschaft durch die CSU nach der Bundestagswahl 1976, bei der CDU und CSU nur äußerst knapp unterlegen waren und die CSU ihr bis dahin bestes Zweitstimmenergebnis erzielt hatte. Der Beschluss wurde von Strauß allerdings zurückgenommen, nachdem sich in der Partei Widerstand regte und Kohl keinen Zweifel daran ließ, dass die CDU eine Bundesausdehnung ihrer Schwester mit der Gründung eines eigenen Landesverbandes in Bayern beantworten würde (Jäger 2009).
1978 nutzte der CSU-Vorsitzende Strauß die Gelegenheit, um nach dem Ausscheiden Alfons Goppels in das Amt des Bayerischen Ministerpräsidenten zu wechseln. Da Kohl als Oppositionsführer in Bonn wenig Fortune zeigte, gelang es Strauß überdies, seinen Anspruch auf die Kanzlerkandidatur 1980 innerhalb der Union durchzusetzen. In der Wahl selber hatte er gegen Amtsinhaber Helmut Schmidt keine Chance. Kohls Kalkül, den Machwechsel mithilfe der FDP noch während der folgenden Legislaturperiode zu schaffen, ging 1982 auf. Damit musste Strauß auch seine Ambitionen auf das Amt des Außenministers begraben, das bei der FDP und Hans-Dietrich Genscher verblieb. Strauß' offen artikulierter Unzufriedenheit mit der gemeinsamen Regierung wirkte der neue Kanzler geschickt entgegen, indem er den CSU-Chef bei der Vermittlung eines Milliardenkredits an die DDR unterstützte. Die Rolle von Strauß bei der finanziellen Stützung des SED-Regimes löste in Teilen der CSU Empörung aus und war der Anlass für die Abspaltung einer neuen rechtskonservativen Partei, der "Republikaner".
Nach Strauß' Tod 1988 wurden die Ämter des Ministerpräsidenten und Parteivorsitzenden wieder in verschiedene Hände gelegt. Bayerns Finanzminister Max Streibl zog in die Staatskanzlei ein, der Vorsitzende der CSU-Landesgruppe im Bundestag Theo Waigel übernahm den Parteivorsitz. Der Führungswechsel fiel in eine Umbruchsphase des Parteiensystems. 1989 erzielten die Republikaner ihre ersten spektakulären Wahlerfolge. Gleichzeitig konfrontierte die sich anbahnende deutsche Einheit die CSU mit der Perspektive eines dauerhaften bundespolitischen Bedeutungsverlustes. Die Partei versuchte dem mit einer Strategie für die neuen Länder zu begegnen (Kießling 2004: 170 ff.). Anfängliche Überlegungen, die CSU zumindest auf den Süden der DDR auszudehnen, wurden wegen des absehbaren Widerstands der CDU bald aufgegeben. Stattdessen setzte man auf die Gründung einer eigenständigen Ost-CSU. Diese ging als Deutsche Soziale Union (DSU) Anfang 1990 an den Start, konnte die in sie gesetzten Hoffnungen aber nicht erfüllen.