In Deutschland besteht laut Verfassung keine Staatskirche. Stattdessen ist im Grundgesetz die Trennung von Staat und Kirche festgelegt: Danach garantiert der Staat die freie Religionsausübung und tritt selbst weltanschaulich neutral auf. Diese Bestimmungen sind jedoch nicht im laizistischen Sinne zu verstehen, demzufolge Staat und Kirche besonders streng voneinander getrennt sind. In Frankreich beispielsweise ist jede religiöse Betätigung in staatlichen Einrichtungen untersagt. In Deutschland dagegen verfügen die Kirchen und Religionsgemeinschaften über den Status öffentlich-rechtlicher Körperschaften. Als solche genießen sie staatlichen Schutz und zahlreiche partnerschaftliche Privilegien, die auch das Bildungswesen betreffen.
Besonders eng arbeiten Staat und Kirche beim Religionsunterricht zusammen. Er ist als einziges Unterrichtsfach laut Grundgesetz als ordentliches Lehrfach in öffentlichen Schulen abgesichert, ist also ein versetzungsrelevantes Pflichtfach. Der Religionsunterricht untersteht zwar der staatlichen Schulaufsicht, ist aber "in Übereinstimmung mit den Grundsätzen der Religionsgemeinschaften“ (GG) zu erteilen. Der Staat trägt die Sach- und Personalkosten. Bei der Personalauswahl, bei der Entwicklung der Lehrpläne und der Zulassung der Schulbücher wirken jedoch die Religionsgemeinschaften mit.
Nach dem Gleichbehandlungsgrundsatz können auch nichtchristliche Religionsgemeinschaften beantragen, Religionsunterricht als schulisches Pflichtfach zu erteilen. Auch dieser Religionsunterricht muss in Übereinstimmung mit dem Grundgesetz durchgeführt werden. Darüber hinaus setzt er eine ausreichende Schülerzahl und kompetente Vertragspartner voraus. Da der muslimische Bevölkerungsanteil wächst, gibt es gegenwärtig Bemühungen, an den öffentlichen Schulen einen geordneten islamischen Religionsunterricht in deutscher Sprache und unter staatlicher Aufsicht einzuführen. Fast alle Bundesländer arbeiten seit Längerem an entsprechenden Konzepten, allerdings fehlen bislang kompetente Vertragspartner seitens der islamischen Religionsgemeinschaften. Nordrhein-Westfalen, in dem 1,5 Millionen Muslime leben, führte als erstes Bundesland ab dem Schuljahr 2012/2013 schrittweise einen flächendeckenden islamischen Religionsunterricht ein.
In einigen Bundesländern bestehen Sonderregelungen für den Religionsunterricht. So gilt in Bremen und in Berlin die sogenannte Bremer Klausel Interner Link: (nach Art. 141 GG). In diesen Ländern ist der Religionsunterricht kein ordentliches Pflichtfach. Vielmehr erteilen die Religionsgemeinschaften den schulischen Religionsunterricht hier eigenverantwortlich und als zusätzliches freiwilliges Fach. Als die rot-grüne Regierung in Berlin 2006 per Schulgesetz das Fach Ethik verpflichtend einführte, um dadurch eine gemeinsame Werteerziehung für alle Schüler im Curriculum zu verankern, kam es darüber zu einem heftigen Schulkonflikt. Unter der Bezeichnung "Pro-Reli" formierte sich ein breites religions- und konfessionsübergreifendes Aktionsbündnis, das auch von der CDU und der FDP unterstützt wurde. Pro Reli setzte sich dafür ein, im Schulgesetz statt einem Pflichtfach Ethik ein Wahlpflichtfach Religion/Ethik zu verankern, damit sich Eltern oder Schüler entweder für den Ethikunterricht oder den Religionsunterricht entscheiden können. Unterstützer des obligatorischen Ethik-Unterrichts gründeten daraufhin die Initiative Pro Ethik, die u.a. von SPD, Bündnis 90/Die Grünen und Die Linke unterstützt wurde. Durch ein erfolgreiches Volksbegehren konnte das Aktionsbündnis Pro Reli 2009 zwar einen Volksentscheid gegen den verpflichtenden Ethikunterricht einleiten. Der Volksentscheid wurde jedoch mehrheitlich abgelehnt und scheiterte überdies am erforderlichen Quorum. Auch in Brandenburg entbrannte ein heftiger Streit, als sich die 1996 allein regierende SPD auf die Bremer Klausel berief und das Fach Lebensgestaltung-Ethik-Religionskunde (LER) als ordentliches Lehrfach anstelle des Religionsunterrichts einführte. Das Fach LER wird seither "bekenntnisfrei, religiös und weltanschaulich neutral" unterrichtet. Im Gegensatz zu Berlin können sich Schüler in Brandenburg allerdings von diesem Fach abmelden, um stattdessen an dem eigenständig von den christlichen Kirchen angebotenen Religionsunterricht teilzunehmen.
Abgesehen vom Religionsunterricht verfügen die beiden großen christlichen Kirchen aber auch auf allen anderen Ebenen des Bildungswesens über erheblichen Einfluss, obwohl sich infolge des Säkularisierungstrends immer weniger Menschen an die Kirchen gebunden fühlen. Die Kirchen beteiligen sich engagiert am öffentlichen bildungspolitischen Diskurs und sind Träger zahlreicher Bildungseinrichtungen. Beide Kirchen unterhalten zusammen bundesweit etwa 18.000 Tageseinrichtungen für Kinder und Kindergärten sowie über 2000 Schulen, wobei hier die ganze Palette unterschiedlicher Schulformen von der Grundschule bis hin zu berufsbezogenen Schulen, Abendschulen oder auch Internaten anzutreffen ist. Hinzu kommen Erwachsenenbildungsstätten und Akademien, mit denen die Kirchen auch in diesen Bereichen eigene programmatische Akzente setzen können.
