Sie studierte Geschichte, Soziologie und Europäische Ethnologie an den Universitäten Göttingen und Tel Aviv sowie an der Technischen Universität Berlin. Während ihres Studiums arbeitete sie in der Stiftung Topographie des Terrors in Berlin. Nach dem Magister folgten Forschungsaufenthalte am Franz Rosenzweig Minerva Research Center der Hebräischen Universität Jerusalem und am Simon-Dubnow-Institut für jüdische Geschichte und Kultur in Leipzig. 2007 promovierte sie an der Technischen Universität Berlin mit einer Dissertation über jüdische Studentenverbindungen an deutschen Universitäten zwischen 1886 und 1937, die 2008 unter dem Titel „Ehrensache. Jüdische Studentenverbindungen an deutschen Universitäten 1886–1937“ publiziert wurde.
Von 2007 bis 2010 war Miriam Rürup wissenschaftliche Assistentin am Seminar für Mittlere und Neuere Geschichte der Universität Göttingen und Mitglied des DFG-Graduiertenkollegs „Generationengeschichte“. Anschließend arbeitete sie als Research Fellow am Deutschen Historischen Institut (DHI) in Washington, D.C. Von 2012 bis 2020 leitete sie das Institut für die Geschichte der deutschen Juden (IGdJ) in Hamburg und lehrte zugleich am Fachbereich Geschichte der Universität Hamburg. Seit Dezember 2020 ist sie Direktorin des Moses Mendelssohn Zentrums für europäisch-jüdische Studien und Professorin an der Universität Potsdam.
Sie ist Associate Fellow der Historischen Fakultät der Universität Oxford und war 2025/2026 für ein akademisches Jahr als Richard von Weizsäcker Fellow am St Antony's College der University of Oxford. Zu ihren Forschungsschwerpunkten zählen die deutsch-jüdische Geschichte des 19. und 20. Jahrhunderts, die Geschichte und Nachgeschichte des Nationalsozialismus, Migrations- und Geschlechtergeschichte, Menschenrechts- und Rechtsgeschichte, insbesondere Geschichte der Staatenlosigkeit. In ihren aktuellen Forschungen beschäftigt sie sich insbesondere mit deutsch-jüdischen Diasporakulturen und der deutsch-deutschen jüdischen Erinnerungskultur seit 1945. Darüber hinaus leitet sie internationale Forschungs- und Publikationsprojekte, darunter die Initiative „Geschichte(n) der deutsch-jüdischen Diaspora“, und begleitet Projekte zur digitalen Vermittlung jüdischer Geschichte sowie das Online-Portal „Jüdische Geschichte[n] in der DDR“.
Miriam Rürup engagiert sich darüber hinaus in zahlreichen wissenschaftlichen Gremien. Sie gehörte dem Board of Directors der German-Israeli Foundation (GIF) an, war Mitglied des International Advisory Board der Gedenkstätte Bergen-Belsen, der Fachkommission der KZ-Gedenkstätte Neuengamme sowie der Kommission für die Förderung und Fortentwicklung der Gedenkstättenarbeit der Stiftung niedersächsische Gedenkstätten. Zudem war sie Gründungsmitglied und Vorsitzende des Beirats der Stiftung Neue Synagoge Berlin – Centrum Judaicum sowie Mitglied des Wissenschaftlichen Beirats des Minerva Instituts für deutsche Geschichte der Universität Tel Aviv. Seit Januar 2020 ist sie Vorsitzende der Wissenschaftlichen Arbeitsgemeinschaft des Leo Baeck Instituts in Deutschland. Sie fungiert als President Elect der European Association of Jewish Studies und wird von 2027 bis 2031 President der EAJS sein. Sie ist Mitherausgeberin der Fachzeitschriften WerkstattGeschichte (seit 2002), Aschkenas. Zeitschrift für Geschichte und Kultur der Juden (seit 2013) sowie Begründerin und Mitherausgeberin der Online-Quellenedition Hamburger Schlüsseldokumente zur deutsch-jüdischen Geschichte. Seit 2014 gehört sie dem Advisory Board des Leo Baeck Year Book an und ist Fachredakteurin für Jüdische Geschichte beim Online-Fachforum H-Soz-Kult. Darüber hinaus ist sie Mitglied des wissenschaftlichen Beirats der Historischen Zeitschrift.
Sie ist Begründerin und Co-Host des Podcast Jüdische Geschichte Kompakt (zusammen mit Björn Siegel vom IGdJ Hamburg) und Herausgeberin des Portals Jüdische Geschichte Online .
2017 (Hrsg. mit Simone Lässig): Space and Spatiality in Modern German-Jewish History. New York.
2017 (Hrsg.): Alltag und Gesellschaft. Paderborn.
2018 (Hrsg. mit Doerte Bischoff): Ausgeschlossen. Staatsbürgerschaft, Staatenlosigkeit und Exil. München.
2024: Social History of German Jews. A Short Introduction. New York.